Jelikož jsme se dozvěděli, že gekončík žije v pouštních biotopech (někdy i travnatých), máme na výběr z několika druhů substrátu. Nejideálnější je použití pouštního písku pro terarijní zvířata o zrnitosti 1-3 mm. Výšku substrátu volíme 2-5 cm.

Potom je možný rašelinový substrát. Doporučuji z rad zkušenejších chovatelů, použít stelivo pro kočky (Mikeš) a nebo namíchat písek s rašelinou. Pozor na velké kusy!